馬英九一行4月3日下午參訪了三峽博物館。在解說員講到三峽大壩工程時，他說：那個時代很多父母都期待孩子長大要在三峽建壩，小弟也是其中之一。

在湖南湘潭完成祭祖后，馬英九一行4月3日上午抵達重慶，并在當天下午參訪重慶中國三峽博物館。

馬英九在三峽博物館參觀了“壯麗三峽”和“遠古巴渝”展廳，了解古代巴人的樂舞、墓葬文化以及生活情況。在解說員講到三峽大壩工程時，他開玩笑地說，“那個時代很多父母都期待他們的孩子長大要在三峽建壩，小弟也是其中之一”。由于觀看中國古代文物太入迷，馬英九的頭甚至碰到玻璃上。

重慶中國三峽博物館是集巴渝文化、三峽文化、大后方文化、抗戰文化、移民文化和統戰文化的收藏、保護、研究、展示、傳播為一體的綜合性省級博物館，前身為1951年成立的西南博物館。全館占地面積5.6萬平方米，建筑面積7.17萬平方米，包括主館、白鶴梁水下博物館、涂山窯遺址等5個場館，有藏品11.98萬件/套(單件超28萬件)，其中巴蜀青銅器、漢代雕塑、古代書畫、古琴、抗戰等方面的文物藏品特色鮮明。2013年，三峽博物館成為海峽兩岸文化交流基地。

這趟為期12天的登陸之旅已經過半，與馬英九一同登陸的臺灣學生對大陸有了更深刻的了解。淡江大學英文系馮灝是安徽人，已經第三次到大陸。他在接受臺媒采訪時表示，這趟到大陸令他頗有心得，印象深刻的是參訪侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館和中山陵，“讓我對于我們過去的歷史有一些非常深刻的感觸……對于歷史情懷跟我們兩岸關系之間的認識，都更上一層樓”。臺大政治學系的詹宇翔同樣對中山陵很難忘，他說，馬先生此次登陸行程“是有辦法追根溯源，找到兩岸可能潛在的共通點”。臺灣東吳大學資料科學系學生孫玉儒稱，臺灣歷史課本對南京大屠殺就是潦草一筆帶過而已，“但是去到那邊，可以很有共感，我聽到講解時也是眼眶含淚”。孫玉儒喜好收集各種徽章，衣服上別著侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館贈送的一枚徽章，“這朵花是和平的象征”。

臺灣政治大學民族學系學生徐致遠在接受采訪時表示，之前就知道大陸的發展很好，此行讓他看到很多細節，比如城市的規劃、道路的設計以及街景的樣態，“在此之前，這些細節是模糊的，但是現在我比較能夠知道大陸的城市發展具體是什么樣子”。在交流中，他感覺到大陸學生對于就業比較傾向于對社會或集體做出貢獻。“大九學堂”學員張昌翊深有感觸地說，兩岸真的是可以理性坐下來、好好溝通對談的。